Naczelnym organem MFW jest Rada Gubernatorów, składająca się z przedstawicieli wszystkich członków. Może one podejmować decyzje we wszystkich sprawach Funduszu i dysponuje dwoma ciałami doradczymi: Międzynarodowym Komitetem Walutowym i Finansowym oraz Komitetem Rozwoju.

Funkcję organu wykonawczego pełni Rada Wykonawcza składająca się z 22 dyrektorów. Zarządza ona środkami finansowymi MFW (sprzedaż oraz odkupywanie walut), ustala politykę udzielania kredytów i przygotowuje projekty dla Rady Gubernatorów. Posiedzeniom Rady Wykonawczej przewodniczy Dyrektor Generalny, który kieruje ponadto bieżącymi pracami MFW, a także jest szefem personelu. Swą funkcję wykonuje przy pomocy zastępcy oraz wielu departamentów regionalnych, funkcjonalnych, służb do spraw informacji oraz kontaktów, służb specjalnych oraz pomocowych.