Naczelnym organem MFW jest Rada Gubernatorów, składająca się z przedstawicieli wszystkich członków. Może one podejmować decyzje we wszystkich sprawach Funduszu i dysponuje dwoma ciałami doradczymi: Międzynarodowym Komitetem Walutowym i Finansowym oraz Komitetem Rozwoju.

Funkcję organu wykonawczego pełni Rada Wykonawcza składająca się z 22 dyrektorów.